Publications 

(ResearchGate)

Belinchon-Moreno, J., Berard, A., Canaguier, A., Chovelon, V., Cruaud, C., Engelen, S., ... & Faivre-Rampant, P. (2025). Nanopore adaptive sampling to identify the NLR gene family in melon (Cucumis melo L.). BMC genomics, 26(1), 126.

Desaint, H., Héreil, A., Belinchon-Moreno, J., Carretero, Y., Pelpoir, E., Pascal, M., ... & Causse, M. (2024). Integration of QTL and transcriptome approaches for the identification of genes involved in tomato response to nitrogen deficiency. Journal of Experimental Botany, 75(18), 5880-5896.

Belinchon-Moreno, J., Berard, A., Canaguier, A., Le-Clainche, I., Rittener-Ruff, V., Lagnel, J., ... & Faivre-Rampant, P. (2024). Nuclear and organelle genome assemblies of five Cucumis melo L. accessions, Ananas, Canton, PI 414723, Vedrantais and Zhimali, belonging to diverse botanical groups. bioRxiv, 2024-10.

Compétences: 

Génétique quantitative; Séquençage longues lectures; Assemblage de génomes; Diversité génomique ou de régions cibles

Résumé de thèse

Diversité génétique et fonctionnelle du NLRome/résistome chez le melon

Les gènes de résistance « Nucleotide-binding-site-leucine-rich-repeat » (NLR) sont la famille la plus importante et l'une des plus variables des gènes de résistance chez les plantes. La caractérisation de leur collection complète dans une espèce (NLRome) faciliterait la création de variétés à très large spectre de résistance. Cependant, malgré les connaissances accumulées, le rôle spécifique de chaque gène NLR reste largement méconnu chez le melon. Cette méconnaissance est liée à un séquençage/assemblage/annotation qui n'ont pas été satisfaisants avec les technologies short reads en raison de la structure et de l'organisation complexes de ces gènes, souvent disposés en clusters qui incluent un niveau élevé de polymorphismes présence-absence. Pour résoudre ce problème, Nanopore Adaptive Sampling (NAS) est une approche rentable et efficace qui génère des long reads et séquence sélectivement des régions cibles prédéfinies.

Notre projet poursuit l’utilisation de NAS pour décrire complètement le NLRome du melon, pour comprendre le rôle dans l’expression de l’immunité face un large cortège de ravageurs et pathogènes et pour explorer les possibilités de recombinaison dans un cluster de NLR complexe. Pour atteindre cet objectif, des études d'association génétique sont réalisées en combinant le phénotype de plusieurs centaines d'accessions avec les données génomiques générées par NAS.

Directrice et Co-Directrice :

Nathalie Boissot (INRAE GAFL, Avignon, France) et Patricia Faivre-Rampant (INRAE EPGV, Evry, France)