Nouvelle publication – Un génome de référence haute qualité pour le pommier 'Golden Delicious'

Le projet OPTIMAE, financé par PlantAlliance, vise à explorer le rôle des éléments transposables — des séquences d'ADN mobiles capables de se déplacer dans le génome — dans la variabilité et l'adaptation du pommier face au changement climatique. Pour mener ces travaux, les chercheurs avaient besoin d'un génome de référence fiable et complet : c'est précisément ce que fournit le nouveau génome GDDH18, avec ses 17 chromosomes intégralement assemblés, ses quelque 52 000 gènes annotés et une représentation exhaustive des séquences répétées, là où l'ancien génome de référence (GDDH13, 2017) présentait des lacunes importantes. 

L'EPGV contribue au projet OPTIMAE en apportant son expertise en séquençage Nanopore (ONT),assemblage de génomes et en bioinformatique. Elle produit les données de séquences de hautes qualités nécessaires à la fois pour la partie assemblage du projet, mais aussi pour la détection des neo-insertions d'éléments transposables. 

Ce génome de haute qualité permettra non seulement de détecter avec précision ces nouvelles insertions d'éléments transposables, induites expérimentalement ou observées dans la nature, mais aussi de comparer la diversité génomique entre individus poussant dans des environnements contrastés — ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension des mécanismes épigénétiques d'adaptation chez le pommier.