Offre de stage à l'EPGV !

Laboratoire d'encadrement

Le laboratoire P2E (Physiologie des arbres et écosystèmes forestiers, INRAE–Université d'Orléans) étudie les mécanismes écologiques et évolutifs impliqués dans les invasions biologiques d'insectes et les interactions arbre-insecte dans le contexte du changement global. En parallèle, nous développons des approches épigénétiques pour étudier les réponses des plantes et des insectes au stress climatique, intégrant écophysiologie, biochimie, génétique et génomique. Le laboratoire collabore étroitement avec la plateforme de séquençage EPGV (Evry) pour mettre en œuvre les technologies de séquençage long pour les analyses épigénomiques.

Présentation du projet

Holostress étudie comment les holobiontes d'insectes (hôtes et leurs symbiontes microbiens) répondent aux stress environnementaux combinés tels que les canicules et l'exposition aux pesticides. En utilisant le puceron du pois Acyrthosiphon pisum comme modèle, il explore comment les symbiontes influencent la thermorégulation de l'hôte, la sensibilité aux pesticides et la tolérance thermique. Un aspect central de la Tâche 3 du projet est l'analyse de l'acclimatation thermique et le rôle des endosymbiotes facultatifs à travers les stades de vie et les générations, avec un focus pionnier sur la méthylation de l'ADN (profilage du méthylome) comme mécanisme épigénétique potentiel de plasticité thermique.

Missions du stagiaire

• Développer et optimiser un pipeline bioinformatique pour les données de méthylome en séquençage long (Oxford Nanopore Technology, ONT), en utilisant les recommandations ONT et les outils de pointe pour l'analyse de méthylation différentielle.
• Effectuer une intégration multi-omiques (méthylome, RNA-seq de l'IRBI, et données phénotypiques) en utilisant le package R mixOmics.
• Comparer les gènes candidats nouvellement identifiés avec ceux d'un pipeline de méthylome existant développé au P2E, et effectuer des analyses supplémentaires telles que l'enrichissement GO et l'inférence de réseaux de gènes pour fournir des insights biologiques en relation avec les données de phénotypage.
• Construire des pipelines reproductibles en Snakemake/NextFlow, Python, Perl, etc., pour l'implémentation sur des plateformes HPC, et produire des analyses statistiques et des visualisations prêtes pour publication en R.

Le stage sera basé à l'EPGV (Evry) ou partagé entre l'EPGV et P2E (Orléans), selon les préférences du candidat.

Profil recherché

Étudiant de Master 2 avec des intérêts en génomique, bioinformatique et analyses multi-omiques, motivé par le développement de pipelines, la programmation (Snakemake/Nextflow, Python, ou Perl), et l'analyse exploratoire de données. Fort intérêt pour les interactions hôte-microbiome et l'écologie évolutive sous stress environnemental et climatique, avec l'objectif d'intégrer les données génomiques et écologiques pour mieux comprendre la dynamique insecte-microbiote.

Pour candidater

Transmettre CV, relevé de notes de master et lettre de motivation à :

• Prof Géraldine ROUX (P2e) : geraldine.roux1@univ-orleans.fr
• Prof Stéphane MAURY (P2e) : stephane.maury@univ-orleans.fr
• Dr Damien Hinsinger (EPGV) : damien.hinsinger@inrae.fr